Alonso Cueto Caballero nació el 30 de abril de 1954 en la ciudad de Lima (Perú). Sus padres son Carlos Cueto Fernandini y Lilly Caballero Elbers. Es el hijo mayor de tres hermanos.

Debido al trabajo de su padre, pasó su infancia viviendo en Paris y Washington. A los siete años, volvió a vivir en Lima. En 1977 se graduó en la facultad de literatura de la Universidad Católica del Perú con una tesis sobre la obra de Emilio Adolfo Westphalen. Ese mismo año, viajó a España con una beca del Instituto de Cultura Hispánica, para realizar un trabajo de investigación entorno a la obra de Luis Cernuda. En 1979 reinició sus estudios en la Universidad de Texas en Austin, de donde se graduó con el título de PhD, en 1984, con una tesis sobre los relatos de Juan Carlos Onetti. En 1985 se casa con Kristin Keenan Atwood con la cual tiene dos hijos, Daniel (1986) y Esteban (1991). Actualmente reside en Lima, Perú.